Bronisław Komorowski jako jedyny poseł Platformy Obywatelskiej głosował przeciwko likwidacji WSI. Jego osoba łączona jest z oficerami tych służb. Komorowski nazwał likwidację WSI „łamaniem praw człowieka” i deklarował, że „poczuwa się w pełni do kontaktów z WSI”. Chlubiący się antykomunistyczną przeszłością, radykalnie zmienił poglądy, gdy w 1990 roku został podwładnym gen. Floriana Siwickiego. Mianowanie Bronisława Komorowskiego na wiceministra obrony narodowej wymagało uzgodnienia z gen. Wojciechem Jaruzelskim, który nie miał żadnych obiekcji wobec kandydatury Komorowskiego.
Od tego momentu Bronisław Komorowski stał się rzecznikiem postkomunistycznej armii, upowszechniał mit rzekomego profesjonalizmu, głębokiego patriotyzmu i niezależności od Sowietów ludzi służb wojskowych. Dowodził, że „radzieckie służby od lat nie miały już kontaktu z komórkami polskiego kontrwywiadu niższego szczebla. Związki takie istniały tylko ze ścisłym kierownictwem Wojskowej Służby Wewnętrznej. Polecenia, jakie tą drogą płynęły, były niejednokrotnie kwestionowane przez niektórych oficerów operacyjnych naszego kontrwywiadu.” Tymczasem w świetle dostępnych dokumentów należy uznać to twierdzenie za nieprawdziwe.
Największym problemem WSW był brak przeprowadzonej weryfikacji, podobnej do tej przeprowadzonej w UOP. Brak weryfikacji oficerów umożliwiał utrzymanie w różnych instytucjach państwowych sieci oficerów i współpracowników służb wojskowych, a także gwarantował bezpieczeństwo archiwów Zarządu II i WSW. Ostatni szef kontrwywiadu gen. Edmund Buła zdążył jeszcze sfilmować kartotekę WSW i przekazać ją Sowietom.
